載體帶有一個大腸桿菌的DNA的短區段,其中有β-半乳糖苷酶基因（lacZ）的調控序列和前146個氨基酸的編碼信息.在這個編碼區中插入了一個多克隆位點（MCS）,它并不破壞讀框,但可使少數幾個氨基酸插入到β-半乳糖苷酶的氨基端而不影響功能,這種載體適用于可編碼β-半乳糖苷酶C端部分序列的宿主細胞.因此,宿主和質粒編碼的片段雖都沒有酶活性,但它們同時存在時,可形成具有酶學活性的蛋白質.這樣,lacZ基因在缺少近操縱基因區段的宿主細胞與帶有完整近操縱基因區段的質粒之間實現了互補,稱為α-互補.由α-互補而產生的LacZ+細菌在誘導劑IPTG的作用下,在生色底物X-Gal存在時產生藍色菌落,因而易于識別.然而,當外源DNA插入到質粒的多克隆位點后,幾乎不可避免地導致無α-互補能力的氨基端片段,使得帶有重組質粒的細菌形成白色菌落.這種重組子的篩選,又稱為藍白斑篩選.如用藍白斑篩選則經連接產物轉化的鈣化菌平板37℃溫箱倒置培養12-16hr后,有重組質粒的細菌形成白色菌落.