1、月經癥狀：根據GnRH脈沖分泌異常程度輕重不同，可表現為黃體功能不足，無排卵月經、月經稀發或閉經。因發病年齡不同可表現為原發閉經伴不同程度的性幼稚或繼發閉經。
2、內分泌特點：單次血LH、FSH水平可正常或低下，頻繁測定則可為LH脈沖峰完全消失，或僅在睡眠時出現，或脈沖頻率減低。對GnRH刺激后促性腺激素反應可表現為成人型（LH反應>FSH反應）或無反應。血E2水平低于或相當于正常早卵泡期水平。Yen根據上述特點，認為下丘腦性閉經是以卵巢功能由性成熟狀態逆轉至青春前狀態為特征的，而治療下丘腦性閉經的過程，實質上是誘導一次“微型青春發育”。
Leyendecker等按患者對氯米芬、孕激素及GnRH的反應，將下丘腦閉經分為輕、中、重三型：
輕度（Ⅰ型）：CC試驗有子宮出血。
中度（Ⅱ型）：CC試驗無子宮出血，但孕激素試驗陽性。
重度（Ⅲ型）：CC與孕激素試驗均陰性，GnRH試驗反應可為成人型（Ⅲa）、青春前型（Ⅲb）、無反應型（Ⅲc）。
Leyendecker將上述分類法與24小時血LH脈沖類型及B超下卵巢內卵泡大小進行比較，結果重度下丘腦閉經，隨GnRH刺激試驗反應性的降低，LH、FSH其值及LH脈沖頻率相應減低。Ⅲa以上患者卵巢內可見直徑>10mm的卵泡，Ⅲb、Ⅲc者卵泡直徑<5—10mm。17例原發閉經者中，16例為Ⅲb、Ⅲc，1例Ⅲa；58例繼發閉經者，57例屬Ⅰ—Ⅲb，僅1例Ⅲc。