多種用于蛋內質組學研究的蛋白質分離方法得到了發展，如基因芯片技術的應用. 蛋白復合物的質譜直接分析、親和標簽的使用以及大規模酵母雙雜交篩選系統。但是，二維聚丙烯酰胺凝膠電泳 (two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis, 2-DE) 依然是大多數蛋白質組研究中分離復雜蛋白混合物所選擇的核心技術，這是由于它在同時分離成千蛋白質時所具有的無可比擬的分離能力，以及隨后的可用于計算機定量分析差異表達蛋白質的高靈敏度的顯色技術，還有對 2-DE 膠上蛋白質用高靈敏度微量化學方法進行鑒定和表征相對比較容易。來源：《蛋白質組學：從序列到功能》
| 實驗方法原理 | 由于2-DE 所分析樣品的多樣性，沒有一種制備方法可以普遍適用于各種樣品，但有幾點考慮一定要提出，很有必要盡量減少可能在 2-DE 譜中導致假點 (artifactualspot) 的蛋白質修飾，在實驗中，含尿素的樣品一定不要加熱，因為加熱后尿素分解產生的異氰酸鹽可能對蛋白質產生氨某甲酰化修飾從而引起很大的電荷不均一性。此外，樣品中的蛋白酶可以很容易地生成假點，因此，樣品處理步驟應盡量少并保持冷凍環境。樣品中可以加入蛋白酶抑制劑的混合物，但切記這些試劑可修飾蛋白，導致電荷假象 。 |
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| 實驗材料 | 血清、血漿、尿樣腦脊液以及細胞和組織的水溶性提取物 |
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| 試劑、試劑盒 | TCA丙酮 |
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| 實驗步驟 | 可溶性液體樣品如血清、血漿、尿樣，腦脊液以及細胞和組織的水溶性提取物，經很少的前處理便可進行 2-DE 分析。含蛋白質濃度較高的樣品，如血漿和血清，可用適量樣品溶解緩沖液稀釋后肯接分析。但是，諸如白蛋白和免疫球蛋白一類的高豐寬蛋白質在2-DE圖譜上常干擾其他表達量少的成分，將這些高豐度蛋白質去除可以克服這個問題, 但同時葉能非特異性去除其他蛋白質。其他類型的液態樣品可能含有較低的蛋白質濃度或較高鹽濃度，將會 干擾 IEF 時蛋白質的分離，這種樣品可在 2-DE 分離前用透析或液相色譜脫鹽，樣品可以通過凍干，對聚乙二醇的透析或用 TCA/ 丙酮沉淀的方法進行濃縮。研究發現 TCA/丙酮沉淀對導致蛋白酶的失活進而減少蛋白質降解非常訂用，同時可以排除干擾化合物，富集機械性蛋白質，如從全細胞裂解液中富集核糖體蛋白。 展開 |
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