對于與引起腹瀉的艱難梭菌反復感染作斗爭的人來說，盡管有些令人反胃，但是糞便微生物群移植 (FMT) 確實提供了一種行之有效的解決方案。來自健康供者的糞便，通常通過結腸鏡遞送到受者體內，可以幫助恢復平衡的腸道微生物群落，以消除潛在的致命感染。幾家公司渴望通過侵入性更小、更標準化的療法來達到同樣的效果，這可能會獲得美國監管機構的批準。一種選擇是一種含有從人類糞便中分離出的細菌孢子的藥丸，如今已經成功進行了3期臨床試驗，為首次批準此類藥物鋪平了道路。
美國布朗大學胃腸病學者Colleen Kelly說，“這無疑是該領域向前邁出的一步。[對于]我們看到的大多數復發性艱難梭菌患者而言……[這種治療]可能能夠解決這個問題。”Kelly是一種名為SER-109的藥丸早期臨床試驗的研究員，但并未參與針對這種藥丸的這項關于療效的3期臨床試驗。
FMT可以打破復發性艱難梭菌感染的循環，這種感染在有其他健康問題的老年患者中很常見，并且通常在抗生素耗盡他們的正常腸道微生物組時開始。參與過 SER-109先前臨床試驗的梅奧診所胃腸病學者Sahil Khanna 說，FMT 成為主流醫學的一部分已有大約10年了。但來自志愿者腸道的移植材料很難標準化。
在最近的一些病例中，未經充分篩查的供者糞便已將有害的新感染傳播給患者。2019 年，在一項與艱難梭菌無關的臨床試驗中，一名免疫系統受損的男性在接受含有抗生素耐藥性大腸桿菌的糞便后死亡（NEJM, 2019, doi:10.1056/NEJMoa1910437）。COVID-19 加劇了安全問題：FMT潛在傳播SARS-CoV-2的可能性促使美國食品藥品管理局（FDA）在 2020年提出了新的警告和更新的供者篩查要求。
Kelly說，“我認為我們已經盡可能地保證了它的安全性。即使在免疫功能嚴重受損的患者中，感染傳播似乎也不是一個很常見的問題。”但她說，更嚴格的 FDA 指導方針使得一些醫療中心的供者篩查變得更加困難。在美國，所需糞便制劑的可靠來源正在枯竭。美國最大的供應商非營利性糞便銀行OpenBiome于2021年2月表示，由于財務困難以及即將批準的FMT替代方案，它正在逐步減少生產。
艱難梭菌，圖片來自emergency-live.com。
這種名為 SER-109 的新藥丸由 Seres Therapeutics公司（下稱Seres公司）制造，它是從人類糞便中提取的，經過純化以減少常駐微生物。來自經過預先篩選的供者的糞便用乙醇處理，這可以殺死許多病毒、真菌和“繁殖性”細菌，即處于生長和繁殖狀態的細菌。留下的細菌可以形成堅固的稱為孢子的厚壁結構，其中許多來自常見的厚壁菌門（Firmicutes）。Seres公司首席醫療官 Lisa von Moltke 說，這組細菌很有價值，因為它們可以與腸道中的艱難梭菌競爭，“占據它的空間、食物和碳源”。她指出，厚壁菌還改變了腸道中膽汁酸的組成，使得腸道環境不適合艱難梭菌生存。
沒有參與這項新臨床試驗的美國密歇根大學安娜堡分校微生物學者和傳染病醫生Vincent Young說，Seres公司的純化過程旨在清除大多數已知會對患者構成安全風險的病原體。“目前還沒有數據公布，但有理由認為 [SER-109] 比糞便更安全。”
2016 年，Seres 公司宣布它的治療方法在 2 期臨床試驗中未能顯示出比安慰劑更大的益處。該公司的研究人員后來得出結論，給出的劑量太低，用于篩選參與者的艱難梭菌測試可能選擇了一些沒有真正復發性感染的人（Clinical Infectious Diseases, 2021, doi:10.1093/cid/ciaa387）。
這項使用更高劑量和更精確篩選測試的 3 期臨床試驗納入了 182 名感染艱難梭菌的參與者，他們在標準抗生素療程后隨機接受 SER-109 或安慰劑。其中，149 人完成了這項臨床研究的 8 周隨訪。研究人員報告說，40% 的安慰劑組出現了艱難梭菌感染復發，但只有 12% 的治療組出現了復發。相關研究結果發表在2022年1月20日的NEJM期刊上，論文標題為“SER-109, an Oral Microbiome Therapy for Recurrent Clostridioides difficile Infection”。
Kelly說，這些結果與利用FMT觀察到的結果相當。她說，許多患者希望避免結腸鏡檢查帶來的不適，如果有藥丸，他們會選擇吃藥。（她指出，雖然“全譜”糞便微生物群也可以口服，但在美國很少有這種藥丸供應商。）
一些科學家懷疑這種新療法能否與完整的糞便微生物群的效力相匹配。美國明尼蘇達大學雙城分校胃腸病學者 Alexander Khoruts 說，“這是大自然建立的一個非常高的標準。”他指出，在 Seres 公司的純化過程中去除的糞便成分，包括稱為噬菌體的殺菌病毒，可能對 FMT 的成功很重要。他說，“我很高興單獨使用厚壁菌……比安慰劑更好，但我不一定相信其他成分是可以忽略的。”
Young 將 SER-109 視為從 FMT 到更量身定制的療法的“良好橋梁”，他希望隨著科學家們更好地分析患者的腸道微生物組并找出他們需要的微生物種類，這樣這種個性化療法將會出現。
von Moltke 說，Seres公司的目標是在 2022 年年中向 FDA 提供 SER-109的批準申請。幾個競爭對手緊隨其后。微生物組公司 Rebiotix公司去年宣布了它的復發性艱難梭菌療法的 3 期臨床試驗的積極結果，這種療法是一種作為灌腸劑遞送的過濾糞便產品。2021 年 10 月，OpenBiome 的衍生公司 Finch Therapeutics 在它的產品---一種含有凍干糞便的藥丸---的第二階段臨床試驗中宣布成功。Vedanta Biosciences 公司已經完成了一種艱難梭菌療法---由八種經過單獨選擇的在細胞庫中培養而不是從糞便中分離出來的細菌菌株組成---的 2 期臨床試驗。
Kelly說，隨著 FMT 替代方案的出現，“我不希望看到糞便庫模型完全消失”。她指出，完整糞便對于開發針對炎癥性腸病等其他疾病的治療方法的研究仍然很重要。不過，她渴望看到 SER-109 推廣到艱難梭菌患者。她說，“我認為每個人都非常高興擁有安全且隨時可獲得的東西。希望它不會太貴。”