不良反應出現在服用米那普侖的第一周內，可持續至第二周，隨后將逐漸減弱，抑郁癥狀將改善，不良反應一般較溫和，很少需要停止治療。
單獨用藥或與其他精神類藥物合用時最常見的不良反應主要是眩暈，出汗、焦慮、發熱和排尿困難，需要特別關注的重要不良反應有：
1)惡性綜合癥（syndrome malin)(發生率不足0.1%）
呆滯少動，高度的肌肉僵硬，吞咽困難、心動過速、血壓變化、出汗等不良反應，繼而出現持續性發熱的惡性綜合征,出現這種癥狀時取停止給藥，應采降低體溫、補充水份等適宜的辦法處理。
2）5-HT綜合癥（發生率不明）
因5-HT綜合癥出現神志錯亂、出汗、幻覺、反射亢進、肌陣攣、顫栗、心動過速、震顫、發熱、協調異常等癥狀時，應停止給藥。
3）痙攣(發生率不足0.1%）
因痙攣出現異常情況時，應停止給藥，采用適當的辦法處理。
4）白細胞減少（發生率不明）
可能發生白細胞減少，故要隨時進行血液檢驗，一旦發生異常，應停止給藥，采用適當的辦法處理。
5）重度皮膚損傷（發生率不明）
可能引起皮膚黏膜眼綜合癥(Stevens-Johnson syndrome)等嚴重皮膚損傷，故要充分觀察，一旦有發熱，紅斑、瘙癢感、眼充血、口腔炎等時。應停止給藥，采用適當的辦法處理。
6)抗利尿激素異常分泌綜合癥(SIADH)
可能引起低鈉血癥、低滲透壓血癥、高鈉尿、高張尿，意識障礙等抗利尿激素分泌異常綜合癥，有食欲不振，頭痛，噯氣、嘔吐、、全身疲倦感等癥狀時，要進行電解質檢查，發現異常，則應采取停止給藥，限制水分攝取等適當的辦法處理。
7）肝功能障礙、黃疸(發生率不足0.1%）
由于AST(GOT),ALT(GPT),Y-GPT的上升，可能引起肝功能的障礙，黃疸，因此要密切觀察，一旦發生異常，應立即停藥，采用適當的方法處理。
一般不良反應：惡心、嘔吐、口干、便秘、震顫、心悸、煩躁不安、頭痛、蕁麻疹、皮疹、斑丘疹或紅斑、瘙癢癥。
需提醒患有心血管疾病或同事接受心臟治療的患者，常見的心血管系統的不良反應可能加重（例如高血壓、低血壓、體位性低血壓、心動過速或心悸）、