1．使用單筒顯微鏡時，要養成用左眼觀察的習慣（因一般用右手畫圖），觀察時要兩眼同時睜開，不要睜一只閉一只，因為這樣易于疲勞。為了訓練學生習慣于兩眼同時睜開觀察，可剪一塊長約14cm，寬約6cm的長方形硬紙片，在靠近左端處挖一個直徑比鏡筒上端外徑略小的圓孔，把圓孔套在鏡筒上段，觀察時兩眼同時睜開，利用紙片的右端擋住右眼的視線，這樣訓練一段時間后，就能習慣于兩眼同時睜開，然后把紙片去掉。
2．直筒顯微鏡的鏡臂與鏡座連接處，是一個機械關節，可用于調節鏡筒的傾斜度，便于觀察，鏡臂不能過于后傾，一般不超過40°。但是在使用臨時裝片觀察時，禁止使用傾斜關節（當鏡筒傾斜時，載物臺也隨之傾斜，載玻片上的液體易流出），尤其是裝片內含酸性試劑時嚴禁使用，以免污損鏡體。
3．目鏡和物鏡的使用
一般都是用一個放大倍數適中的目鏡（10×）和最低倍的物鏡開始觀察，逐步改用倍數較高的物鏡，從中找到符合實驗要求的放大倍數。
轉換物鏡時，先用低倍鏡觀察，調節到正確的工作距離（成像最清晰）。如果進一步使用高倍物鏡觀察，應在轉換高倍物鏡之前，把物像中需要放大觀察的部分移至視野中央（將低倍物鏡轉換成高倍物鏡觀察時，視野中的物像范圍縮小了很多）。低倍物鏡和高倍物鏡基本齊焦（同高調焦）。
通常認為，使用任何一個物鏡時，有效放大倍數的上限是1，000乘它的數值孔徑，下限是250乘它的數值孔徑。如40×物鏡的數值孔徑是0.65，則上、下限分別為：1000×0.65=650倍和250×0.65≈163倍，超過有效放大倍數上限的叫做無效放大，不能提高觀察效果。低于下限的放大倍數則人眼無法分辨，不利于觀察。一般最實用的放大倍數范圍是500—700乘數值孔徑之間的數字。
4．油浸物鏡的使用
使用油浸物鏡時，一般不要使用同高調焦。同高調焦只適用于每臺顯微鏡的原配物鏡，在使用低倍和高倍物鏡時，是一個極有利的方便條件，但在使用油浸物鏡時，則受到一定限制，一般地說，用油鏡觀察未加蓋玻片的標本片（載玻片）時，利用同高調焦的安全度較大，而對于有蓋玻片的標本片，要小心使用，因為油浸物鏡的工作距離很短，在設計和裝配時所考慮的同高是對標準厚度蓋玻片的。
用油浸物鏡時，只在標本片上滴香柏油。觀察完畢后，要及時進行清潔工作，如不及時進行，香柏油粘上灰塵，擦拭時灰塵粒子可能磨損透鏡，香柏油在空氣中暴露時間長，還會變稠、變干，擦拭很困難，對儀器很不利。擦拭要細心，動作要輕。油浸物鏡前端先用干的擦鏡紙擦一兩次，把大部分油去掉，再用二甲苯滴濕的擦鏡紙擦兩次，最后再用干的擦鏡紙擦一次。標本片上的香柏油可用“拉紙法”（即把一小張擦鏡紙蓋在香柏油上，然后在紙上滴一些二甲苯，趁濕把紙往外拉，這樣連續三四次，即可干凈，一般不會損壞未加蓋玻片的涂片標本）擦凈。擦鏡紙也要防塵，一般在使用前，將每頁剪成8小塊，貯存在一個干凈的小培養皿中，用起來既節省又方便。
5．聚光器的使用方法
①使用聚光器的原因
當放大倍數增加時，一方面由于放大倍數越高，透鏡數目越多，被透鏡吸收的光線也越多；另一方面由于視場（指的是所能看到被檢標本的范圍）的亮度與放大倍數的平方成反比，即放大倍數越高，視場越暗。為了得到足夠的亮度，必須安裝聚光器，把光線集中到所要觀察的標本上。
②觀察時聚光器應處的高度
觀察時，要保證得到最好的觀察效果，聚光器的聚光焦點應正好落在標本上。要實現這個條件，就必須調節聚光器的高度。當用平行光照明時，聚光器的聚光焦點是在它上端透鏡平面中心上方約1.25mm之處，因此，人們常常要求在觀察時將聚光器上升到它上端透鏡平面僅稍稍低于載物臺平面的高度，這樣聚光焦點就可能落到位于標準厚度載玻片上的標本上。當使用比標準厚度薄的載玻片來承放標本時，聚光器的位置要相應地降低一些，而當使用過厚地載玻片時，聚光焦點只能落在標本下方，不利于精細的觀察。
③聚光器與物鏡的配合
這里所謂的配合，就是使聚光器和物鏡這兩者的數值孔徑取得一致，以更好的進行較為精細的觀察。假如聚光器的數值孔徑低于物鏡，那物鏡的部分數值孔徑就浪費了，從而達不到它的最高分辨力。假如把聚光器的數值孔徑大于物鏡的數值孔徑，則一方面不能提高物鏡的規定分辨力，另一方面反會由于照明光束過寬，使物象的清晰度下降。聚光器與物鏡配合的操作方法是：在完成照明、調焦操作后，取下目鏡直接向鏡筒中看，把聚光器下的可變光闌關到最小，再慢慢地開大。開到它的口徑與所見視場的直徑恰好一樣大*，然后按上目鏡，即可進行觀察。每轉換一次物鏡，都要隨著進行依次這樣的配合操作。有的聚光器可變光闌的邊框上刻有表示開啟口徑的尺度，可以根據刻度來進行配合。