1. 用抗體或表位標記物捕獲細胞核內或細胞質中內源性的RNA結合蛋白。
2. 防止非特異性的RNA的結合。
3. 免疫沉淀把RNA結合蛋白及其結合的RNA一起分離出來。
4.結合的RNA序列通過microarray（RIP-Chip），定量RT-PCR或高通量測序（RIP-Seq）方法來鑒定。
