全自動氨基酸分析儀的操作方法：
樣品處理：
測定樣品中各種游離氨基酸含量，可以除去脂肪雜質后，直接上柱進行分析。
測定蛋白質的氨基酸組成時樣品必須經酸水解，使蛋白質完全變成氨基酸后才上柱進行分析。
樣品分析：
經過處理后的樣品上柱進行分析。上柱的樣品量根據所用自動分析儀的靈敏度來確定。一般為每種氨基酸0.1μmol左右（水解樣品干重為0.3mg左右）。測定必須在pH5～5.5、100℃下進行，反應進行時間為10～15min，生成的紫色物質在570nm波長下進行比色測定。而生成的黃色化合物在440nm波長下進行比色測定。做一個氨基酸全分析一般只需1h左右，同時可將幾十個樣品一起裝入儀器，自動按序分析，最后自動計算給出精確的數據。儀器精確度在±1～3%。
結果計算：
帶有數據處理機的儀器，各種氨基酸的定量結果能自動打印出來，否則，可用尺子測量峰高或用峰高乘以半峰寬確定峰面積進而計算出氨基酸的精確含量。另外，根據峰出現的時間可以確定氨基酸的種類。