本組疾病的預后與原發中樞神經系統感染的類型、程度以及治療的及時性有密切關系。例如，病毒性腦炎經抗積極抗病毒治療后一般預后較好，重型病例的死亡率為22.4-60%；麻痹性癡呆為神經梅毒最嚴重的一種類型，病情進行性加重，預后差；HIV感染伴發癡呆是預后差的標志，50-75%的患者在伴發癡呆的6個月內死亡。
