（1）腎活檢 本病典型病例的病理改變主要是皮質乳頭瘢痕形成、腎盞擴張、扭轉，病變以腎下極和上極最顯著，病變可為單側或雙側，腎臟有不同程度的縮小，也可極度萎縮。如大量反流繼續存在可見輸尿管擴張、彎曲。
（2）組織學檢查 反流性腎病腎組織學損害實際上與慢性腎盂腎炎無明顯區別，可見淋巴細胞浸潤、間質纖維化、小管退行性改變，萎縮小管內常有膠質管型，部分呈小管囊性擴張，小球玻璃樣變或消失，小動脈和葉間動脈由于收縮和內膜增厚而阻塞，部分病例在外髓帶和皮質可見含Tamm-Horsfall蛋白的淡染物質。這種病灶常被聚積的淋巴細胞和漿細胞包圍。在有尿路感染的病例，皮質萎縮常伴嚴重的呈放射狀分布的炎癥反應，并可從受損的髓質延伸到整個小葉，此時常見患腎縮小，腎盂腎盞擴張，皮質變薄，腎表面有局灶性瘢痕。
（3）光鏡檢查及電鏡檢查 光鏡檢查可見腎小管萎縮，腎間質纖維化，有淋巴細胞浸潤，在皮質及外髓可見內含THP圓形的染色物，晚期病變可見腎小球局灶性硬化，熒光鏡可見部分腎小球內有IgM、IgG和C3沉積。電鏡檢查可見內皮下電子致密沉積物。