1、疼痛：70%~80%有不同程度的盆腔疼痛，與病變程度不完全平行，包括{1}痛經：典型者為繼發性，并漸進性加重；{2}非經期腹痛：慢性盆腔痛（CPP)；{3}性交痛以及排便疼痛等；{4}卵巢內異癥囊腫破裂可引起急性腹痛。
2、不孕：約50%的患者合并不孕。
3、月經異常。
4、盆腔包塊。
5、特殊部位內異癥：各種癥狀常有周期性變化，可合并盆腔內異癥的臨床表現。例如（1）消化道內異癥：大便次數增多或便秘﹑便血﹑排便痛等癥狀。（2）泌尿道內異癥：尿頻﹑尿痛﹑血尿及腰痛，甚至造成泌尿系梗阻及腎功能障礙。呼吸道內異癥：經期咯血及氣胸。瘢痕內異癥包括{1}腹壁：剖宮產等手術后切口瘢痕處結節，經期增大，疼痛加重；{2}會陰：會陰切口或傷口瘢痕結節，經期增大，疼痛加重。
6、婦科檢查：
典型病例子宮常為后位﹑活動度差；宮骶韌帶﹑直腸子宮陷凹或后穹窿觸痛結節；可同時存在附件囊性不活動包塊。
7、血癌胚抗原125(CA125）檢查：
CA125水平多為輕中度升高。
8、影像學檢查：
超聲掃描主要對卵巢內異癥囊腫診斷有意義。典型的超聲影像為附件區無回聲包塊，內有強光點。磁共振成像（MRI）對卵巢內膜異位囊腫﹑盆腔外內異癥以及深部侵潤病變的診斷和評估有意義。
9、其他：
必要時可行其他輔助檢查，如靜脈腎盂造影（ⅣP）、膀胱鏡、結腸鏡等。