1.手足口病
（1）病原體 兩者均為腸道病毒感染引起，皰疹性咽峽炎為柯薩奇A組病毒，手足口病以柯薩奇A組16型、腸道病毒71型（EV71）多見，重癥手足口病多由EV71感染引起。
（2）診斷 僅于口腔咽腭部位、懸雍垂的黏膜上或口腔其他部位出現皰疹，診斷為皰疹性咽峽炎，如手、足、口、臀、膝關節、肘關節等部位出現斑丘疹、皰疹，診斷手足口病。皰疹性咽峽炎與手足口病均可以伴發熱或不伴發熱。部分手足口病患兒口腔未見皰疹，也可以先于口腔部位出現皰疹，之后再出現手、足、臀、膝關節、肘關節等部位的皮疹。
2.皰疹性口腔炎
為單純皰疹病毒Ⅰ型感染所致。多見于1～3歲小兒，發病無明顯季節差異，呈現更大的，持續更久的潰瘍。皰疹性咽峽炎皰疹主要發生在咽部和軟腭，有時見于舌但不累及齒齦和頰黏膜，此點與皰疹性口腔炎迥異。
3.復發性口瘡和Bednar口瘡
很少發生于咽部，而且一般無全身癥狀。