1.直接鏡檢
取痰、膿液、耵聹、皮損破潰分泌物、支氣管肺泡灌洗液或活檢組織標本等做直接鏡檢。
2.培養
室溫沙氏培養基上菌落生長快，毛狀，有黃綠色、黑色、棕色等。鏡下可見分生孢子頭和足細胞等曲霉特征性結構。
3.組織學檢查
曲霉病的組織病理反應一般為化膿性或混合性炎癥反應。
4.曲霉免疫學檢測
（1）曲霉特異性抗體檢測 主要應用于免疫功能正常者，方法有免疫雙擴散試驗（ID）、對流免疫電泳（CE）或乳膠凝集試驗（LPA）等。可用于診斷過敏性曲霉病、肺曲霉病、慢性壞死性曲霉病及其他免疫功能正常者的侵襲性曲霉感染，包括心內膜炎等。過敏性曲霉病的陽性率為70%以上，而肺曲霉球陽性率大于90%，但侵襲性曲霉病的陽性率較低。
（2）特異性抗原檢測 血清曲霉特異性抗原檢測，簡稱GM試驗，主要應用于血液系統惡性腫瘤患者侵襲性曲霉病的早期診斷，具有較好的敏感性和特異性，其次也可用于實體器官移植患者。
（3）分子生物學檢測 主要是應用實時PCR（聚合酶鏈反應）技術對血液、支氣管肺泡灌洗液中曲霉特異性DNA片段進行檢測，具有較好的敏感性和特異性。但是目前該技術尚未被正式批準臨床常規應用，主要與其假陽性和標準化問題尚未完全解決有關。