病毒感染還會誘導干擾素的表達和細胞免疫調理，造成一些自身免疫反應，包括高熱、頭痛、腓腸肌及全身肌肉疼痛等，病毒代謝的毒素樣產物以及細胞壞死釋放產物也會造成和加劇上述反應。
由于流感病毒感染會降低呼吸道粘膜上皮細胞清除和黏附異物的能力，所以大大降低了人體抵御呼吸道感染的能力，因此流感經常會造成繼發性感染，由流感造成的繼發性肺炎是流感致死的主要死因之一。
在流行期結合臨床癥狀診斷流感并不困難，但要確診或流行監測時必須進行實驗室檢查，主要包括病毒分離培養、血清學診斷和快速診斷方法。 [4]
1、病毒的分離與鑒定
通常采取發病3日內患者的咽洗液或咽拭子，經抗生素處理后接種于9～11日齡雞胚羊膜腔和尿囊腔中，于33℃～35℃孵育3～4天后，收集羊水和尿囊液進行血凝試驗。如血凝試驗陽性，再用已知免疫血清進行血凝抑制（hemoagglutination inhibition，HI）試驗，鑒定型別。若血凝試驗陰性，則用雞胚再盲目傳代3次，仍不能出現血凝則判斷病毒分離為陰性。也可用組織培養細胞（如人胚腎或猴腎）分離病毒，判定有無病毒增殖可用紅細胞吸附方法或熒光抗體方法。 [4]
2、血清學診斷
采取患者急性期（發病5天內）和恢復期（病程2～4周）雙份血清，常用HI試驗檢測抗體。如果恢復期比急性期血清抗體效價升高4倍以上，即可做出診斷。正常人血清中常含有非特異性抑制物，因此在進行HI試驗前可用胰蛋白酶等處理血清，以免影響HI試驗結果。HI試驗所用的病毒應當是與當前流行密切相關的病毒株，反應結果才能確切。補體結合試驗（compliment fixation，CF）只能檢測NP、MP的抗體。這些抗體出現早、消失快。因此，CF試驗只能作為是否新近感染的指標。 [4]
3、快速診斷
對患者進行快速診斷，主要是采用間接或直接免疫熒光法、ELISA法檢測病毒抗原。常取患者鼻甲粘膜印片或呼吸道脫落上皮細胞涂片，用熒光素標記的流感病毒免疫血清進行免疫熒光染色檢查抗原，或用ELISA檢查患者咽漱液中的抗原。 用單克隆抗體經免疫酶標法僅用24～72小時即可快速檢測甲、乙型流感病毒在感染細胞內的病毒顆粒或病毒相關抗原。
PCR、核酸雜交或序列分析等方法也被用于檢測流感病毒核酸或進行分型。