IBD患者營養不良發生原因如下：
1.營養物質攝入減少
導致IBD患者攝食減少因素多。急劇食欲減退可能由于細胞因子如白介素1和腫瘤壞死因子水平的增加造成；使用甲硝唑治療CD患者往往會使口腔內出現金屬味，進而抑制食欲；鋅、銅、鎳缺乏也會引起味覺變化使食欲減退；此外，患者因腹瀉、腹痛、口腔潰瘍等導致的攝食障礙。
2.吸收不良
IBD患者營養攝入不足同時合并有小腸營養吸收不良。約1/3CD患者的炎癥波及小腸，廣泛小腸炎癥和腸切除都會減少小腸吸收面積；回腸切除可引起膽鹽和維生素B12吸收不良，導致膽鹽缺乏進而影響脂肪和脂溶性維生素的吸收；患者因回盲瓣切除會引起小腸細菌過度生長或盲袢綜合征，從而引起吸收不良。
3.營養素丟失增加
在炎癥和潰瘍的黏膜面發生蛋白質滲出性丟失。在這些區域內存在上皮間緊密連接的缺乏和淋巴引流的改變。蛋白質丟失的程度與疾病嚴重程度有關。
4.藥物的影響
用于IBD的藥物會引起營養缺乏的發生。由于柳氮磺吡啶（SASP）競爭性抑制空腸葉酸結合酶而使葉酸吸收不良；皮質激素能抑制小腸鈣的吸收和增加尿鈣的排泄；考來烯酸能引起鈣、脂肪和脂溶性維生素的缺乏；SASP及甲硝唑能引起惡心、嘔吐和消化不良而使營養素吸收減少。
5.能量和蛋白質需求增加
活動性IBD患者能量消耗增加。IBD患者往往處于分解代謝狀態，出現負氮平衡。
營養素缺乏會影響IBD的臨床結局，蛋白質-能量營養不良會導致細胞和免疫功能缺陷，兒童生長發育延緩。維生素D缺乏的CD患者中會產生代謝性骨病。維生素A、C和E是重要的抗氧化營養素，這些維生素缺乏會增加疾病活動期以及致癌作用增強。硒充當谷胱甘肽過氧化物酶的輔因子以防止細胞免受自由基的損傷，嚴重硒缺乏和IBD患者潛在性死亡間有相關性。鋅和銅是超氧化物歧化酶的輔因子，能保護細胞免受自由基損害。鋅缺乏能抑制傷口愈合，可能為CD瘺管經久不閉合的原因。葉酸對UC患者黏膜不典型增生和結腸癌的發生有防護作用，雖然其機制尚不明，但實驗發現缺乏葉酸的培養基中細胞染色體的脆性增加。