病毒性結膜炎是高度接觸傳染的和由飛沫，污染物傳播以及由手接種到眼。為避免交叉感染，檢查病人后醫師必須徹底洗手和消毒所用的器械。囑咐病人在接觸其眼或鼻分泌物后必須徹底洗手，要避免接觸感染眼后去接觸非感染眼。并要避免合用毛巾和枕頭。須去除眼部分泌物且不宜包封患眼。病毒性結膜炎是自限的，輕癥病例持續1周，重癥病例達3周.如果結膜炎確定是由病毒引起的，則無需治療或治療也是無效的。
如果任一臨床特征與細菌性結膜炎一致，則病人須局部應用抗生素治療，例如10%磺胺醋酰鈉眼藥水或甲氧芐啶/多粘菌素B，每日4次，共7~10日。嚴重的結膜炎伴有假膜，影響視力的角膜炎癥或瘢痕形成則可能需要局部應用皮質類固醇，然而局部應用皮質類固醇可加重眼部單純皰疹病毒感染，可能引起角膜潰瘍形成甚或穿孔。長期應用皮質類固醇可致青光眼和可能引起白內障，故須由眼科醫師啟用和監控皮質類固醇的應用。