磷霉素鈣口服適用于敏感菌(金葡菌、大腸桿菌、沙雷菌屬、志賀菌屬、綠膿桿菌、肺炎桿菌、產氣桿菌等)所致的皮膚軟組織感染、尿路感染和腸道感染(包括菌痢等)。磷霉素鈉注射的適應證為敏感菌所致的呼吸道感染、敗血癥、腹膜炎、腦膜炎、骨髓炎等。劑量需較大，且常需與其他抗生素如β-內酰胺類或氨基糖苷類合用。磷霉素也可與萬古霉素等合用，以治療耐甲氧西林金葡菌(MRSA)感染。
口服磷霉素鈣鹽適用于敏感菌所致輕、中度感染，如皮膚軟組織感染、尿路感染及腸道感染等。靜脈給藥可用于肺部感染、腹膜炎、敗血癥及骨髓炎等較重感染，嚴重病例宜與β內酰胺類或氨基糖甙類聯合應用。