肌球蛋白（myosin）是沿著肌動蛋白絲軌道運動的分子馬達超大家族，最初是由Kuehne在1864年研究骨骼肌收縮時發現并命名的。在最初試圖要尋找非肌肉肌球蛋白，首先發現了單頭肌球蛋白，隨后是傳統的雙頭肌球蛋白。后來，將前者稱為“肌球蛋白I”，后者“肌球蛋白Ⅱ”。從此之后，根據發現的時間順序用羅馬數字給肌球蛋白命名，真核細胞中的肌球蛋白可以分為從I到XXXV的35類肌球蛋白種類。
依據來源，可以將肌球蛋白分為兩類：傳統的肌球蛋白和非傳統的肌球蛋白。傳統的肌球蛋白指那些構成肌肉的肌球蛋白，也就是肌球蛋白Ⅱ，最早發現于動物細胞的肌肉組織和細胞質中，主要為肌肉收縮提供驅動力，能夠把ATP水解釋放出來的化學能轉化為肌肉收縮的機械能。但是非肌肉細胞中也存在肌球蛋白Ⅱ，稱為非肌肉肌球蛋白Ⅱ。非傳統的肌球蛋白指的是那些肌肉中不含有的肌球蛋白，如肌球蛋白I、Ⅲ、ⅣV、V，等只存在于非肌肉細胞之中；肌球蛋白VⅢ，Ⅺ和xⅡ只存在于植物當中。