1.手術方案
應根據肛門癌的生長部位、侵襲范圍、轉移情況以及患者的具體情況加以選擇。
（1）經腹會陰聯合根治性切除術 此種手術主要用于肛管癌或肛門周圍癌侵犯肛管時。手術方法可參考直腸癌的有關手術。
（2）局部切除術 此種手術適用于肛門或肛管皮膚癌變范圍不大，基本上不延及肛門內，深度未侵及括約肌，病理檢查證明細胞分化較高的病變。
2.放射治療
肛門部鱗狀細胞癌和基底細胞癌，對放射線甚為敏感。根據患者的全身情況及腫瘤的局部情況，可選擇使用X線體外放療、鐳放療、鈷放療、電子加速器放療，也可結合手術治療。在術前應用可提高切除率，術后應用則可減少復發，提高療效。
3.化療
大劑量化療可清除手術或放療無法清除的亞臨床轉移灶，同時增加組織對放療的敏感性。常用的化療方案有順鉑+5-FU或5-FU+絲裂霉素（MMC）。聯合化療和放療同時應用可明顯降低遠處轉移的發生率。