本法能完整切除包蟲，治療效果最佳。從現代肝外科學的角度來看，切除寄生蟲感染的肝臟（標準切除或廣泛切除）是理想的方法，但對因包蟲感染而行肝切除要謹慎，一方面是因為肝包蟲病非惡性病變，且常為多中心性的生物性疾病，另一方面肝切除涉及的術后處理以及術后肝組織的再生能力等問題，因此對肝包蟲病行肝切除術僅適用于囊周切除術不能清除已無法恢復正常的病變肝組織，包括：囊腫已破壞整肝段、葉或半肝；在肝葉或肝段中有大量多發性包囊，相互重疊使包囊間的正常肝實質的功能難以保留；肝實質內的包蟲囊突破某些肝段或肝區的膽管，造成無法控制的膽漏；在肝實質中有包囊膽管瘺管。特別是對肝上、肝門部、中央型門靜脈間包囊的手術難度較高。
對以下情況可考慮作肝葉或肝部分切除術：
①局限于肝左外葉或右半肝，體積巨大、單一、囊壁堅厚或鈣化不易塌陷，而病側肝組織已萎縮；
②局限于肝的一葉的多發性囊腫；
③引流后囊腔經久不愈，以至遺留瘺管；
④囊腫感染后形成厚壁的慢性膿腫；
⑤局限的肝泡狀棘球蚴病者。