血清脂蛋白電泳的樣本：可用新鮮、未冷凍的血清分離脂蛋白。血漿不適合用來做脂蛋白電泳，因為會出現一條纖維蛋白原區帶。
帶有清晰的分離組分的脂蛋白圖形是進行準確解釋的先決條件。如果能夠很好地滿足這些條件，在脂蛋白電泳和參考方法（超速離心法）之間就可以相當一致。各組分的精密度不同，用變異系數表示，估計一般都在5%以下。
偶爾α-脂蛋白會消失和（或）出現一條舌狀的窄的α-脂蛋白區帶。這是因為游離脂肪酸在α-脂蛋白上積聚，造成了這些微粒帶有電荷相等。由于α-區帶密度增大，從而導致結果偏高。和沉淀技術相比，定量脂蛋白電泳的耗資較高。