根據樣品理化性質，從提高電泳速度和分辨力出發選擇緩沖液的種類，pH和離子強度。選擇好的緩沖液最好是揮發性強，對顯色或紫外光等觀察區帶沒有影響，若樣品含鹽量較高時，宜采用含鹽緩沖液。例如血清蛋白電泳可選用pH8.6的巴比妥緩沖液或硼酸緩沖液；氨基酸的分離則可選用pH7.2的磷酸鹽緩沖液等。電泳時先將濾膜剪成一定長度和寬度的紙條。在欲點樣的位置用鉛筆做上記號，點上樣品，在一定的電壓，電流下電泳一定時間，取下濾膜，進行染色。不同物質需采用不同的顯色方法，如核苷酸等物質可在紫外分析燈下觀察定位，但許多物質必須經染色劑顯色。
醋酸纖維薄膜電泳染色后區帶可剪下，溶于一定的溶劑中進行光密度測定。也可以浸于折射率為1.474的油中或其他透明液中使之透明，然后直接用光密度計測定。
它的缺點是厚度小，樣品用量很小，不適于制備。