鉤端螺旋體病的腎損害需與以下疾病相鑒別：
1.重型病毒性肝炎 重型肝炎可有深度黃疸、出血傾向、腎功能損害(肝腎綜合征)，易與鉤體病混淆。除流行病學的特點外，主要的鑒別要點是：
(1)起病形式不同。重肝的感染中毒癥狀輕而消化系統癥狀顯著，罕有結膜充血。淋巴結腫大，無腓腸肌壓痛。
(2)重肝的病程進展相對較緩慢。
(3)與鉤體患者相比，重肝患者ARF出現較晚，罕見在1周內發生。腎功衰竭往往是重肝患者的臨終階段。
(4)重肝的肝功能損害程度與黃疸程度成正比，也較鉤體為重。
(5)肝炎病毒標記物檢查和鉤體病的特異性診斷試驗，對兩者的鑒別具有決定性的意義。
2.流行性出血熱 有畏寒、發熱、出血與腎損害，其中約20%的患者有腓腸肌痛和壓痛，酷似鉤體病。但流行性出血熱常有較突出的頭、眼眶及腰疼痛，顏面、頸，胸部充血，眼結膜和口腔黏膜充血、水腫，皮膚黏膜瘀點，胸、腋下瘀點呈搔抓樣。退熱后癥狀加重。黃疸少見，尿中常有膜狀物，血清學檢查可測得相應的特異性抗體。
3.急性腎小球腎炎 臨床上有水腫、血尿、蛋白尿，尿中有紅、白細胞和管型。常可發生腎功能損害，嚴重者出現氮質血癥。但無明顯發熱，也無鉤體病的早期感染中毒癥狀以及相應的其他臨床特征，如出血、黃疸等。
4.急性腎盂腎炎、敗血癥、急性溶血性貧血等，均可表現為發熱和腎損害，應與鉤體病性腎衰相鑒別。