刮取角膜潰瘍區的分泌物或壞死組織進行涂片及革蘭染色檢查,可發現較細小的革蘭陰性桿菌。銅綠假單胞菌在瓊脂培養基上生長迅速,有時24小時即可出現菌落,一般菌落較大,呈圓形,邊緣稍不齊,外觀黏稠。為尋找病因可對患者應用過的眼藥水及手術器械進行細菌培養。
在角膜浸潤嚴重,無法觀察眼內情況時,可行B超檢查明確球內病變。