1、難辨梭狀芽胞桿菌腸炎的糞便檢查：糞便在顯微鏡下見膿細胞和白細胞增多，隱血試驗呈陽性。糞便涂片做革蘭染色，可發現陽性球菌大量增多，而陰性桿菌減少。必要時做重復涂片檢查以觀察球、桿菌的比例變化。如有條件，可用雙酶梭狀芽胞桿菌抗霉素中和法測定糞便中有無難辨梭狀芽胞桿菌霉素的存在。不含細胞的糞便濾液在組織培養中產生的細胞霉素作用可由抗霉素來中和，可用以幫助確定診斷。
2、難辨梭狀芽胞桿菌腸炎的血液生化檢查：可見電解質紊亂，常有低鉀、低鈉及低蛋白血癥。血清白蛋白要低于3%，細胞計數可高達20×109/L以上，且以中性細胞為主。
3、難辨梭狀芽胞桿菌腸炎的組織學檢查：黏膜上附著黏液、纖維素、壞死細胞及多核白細胞組成的假膜。腸黏膜的炎癥區有壞死，黏膜深層無破壞，但固有層中有多核白細胞，漿細胞及淋巴細胞浸潤。血管腔內有血栓形成。
4、難辨梭狀芽胞桿菌腸炎的肛門鏡、乙狀結腸鏡檢查：可見黏膜充血、水腫、糜爛、潰瘍、直腸乙狀結腸有多發性隆起的斑片或融合為大片的灰綠色褐色假膜覆蓋黏膜面，是本病的主要征象。嚴重者互相混合。假膜鄰近的黏膜可呈水腫、充血，觸及易出血。也可見散在潰瘍。假膜性病變主要累及左側結腸或全結腸，少數累及回盲部。
5、難辨梭狀芽胞桿菌腸炎的X線檢查：腹部X線平片無特殊發現，可顯示腸麻痹或腸曲擴張，可見液平面，由于結腸水腫，可出現拇指樣印跡。偶爾可出現自發性巨結腸。鋇劑X線，在早期或輕型患者無特殊改變，晚期和重病者，可見結腸蠕動增快，黏膜增厚，腸曲痙攣、扭曲、黏膜潰瘍等。鋇劑灌腸常可使病情加重，故一般不主張施行。