內標法和外標法是同樣可靠的。
內標的優點在于目標基因與管家基因的反應條件最接近一致，缺點在于目標基因與管家基因的引物和探針相互之間會發生競爭與抑制，導致它們的 PCR 效率有差異。
外標的優點在于目標基因與管家基因的引物和探針之間沒有發生競爭與抑制的機會，但是不同管之間的反應條件差異比同管的要大，也會導致它們的 PCR 效率有差異。
兩相比較，內標法與外標法的數據精確度是一樣的。
