1、適用范圍不同。
冷場發射掃描電鏡是一種用于材料科學、化學領域的分析儀器，而熱場發射掃描電鏡是一種用于物理學、材料科學、能源科學技術領域的分析儀器。熱場發射掃描電鏡使用范圍更廣。
2、技術指標不同。
冷場發射掃描電鏡：
辨率：1.0nm (15kV)，2.0nm (1kV)，1.4nm(1KV)入射電子減速功能。放大倍率：×20 ~ ×800,000。加速電壓：0.5 ~ 30kV。X射線能譜儀分辨率/有效面積：不低于133eV，10mm2。
熱場發射掃描電鏡：
放大倍數：35—90萬倍。分辨率：工作電壓15kV時分辨率為1.0nm。加速電壓：0.2Kv—30Kv。能譜：探測元素范圍B5-U92。能量分辨率：136eV。
3、主要功能不同。
冷場發射掃描電鏡是超顯微、形貌與成分分析相結合。而熱場發射掃描電鏡是物理學，材料科學，能源科學技術。