一旦產品內冰升華完畢，產品的干燥變進入了第二階段。在該階段雖然產品內不存在凍結冰，但產品內還存在10%左右的水份，為了使產品達到合格的殘余水份含量，必須對產品進一步的干燥。
在解吸階段，可以使產品的溫度迅速地上升到該產品的最高允許溫度，并在該溫度一直維持到凍干結束為止。迅速提高產品溫度有利于降低產品殘余水份含量和縮短解吸干燥的時間。產品的允許溫度視產品的品種而定，一般為25℃－40℃左右。病毒性產品為25℃，細菌性產品為30℃，血清、抗菌素等可高達40℃。
在解吸干燥階段由于產品內逸出水份的減少，冷凝器溫度的下降又引起系統內水蒸汽壓力的下降，這樣往往使凍干箱的總壓力下降到低于0.1毫巴，這就使凍干箱內對流的熱傳遞幾乎消失。因此，即使板層的溫度已加熱到產品的最高允許溫度，但由于傳熱不良，產品溫度上升很緩慢。
為了改進凍干箱傳熱，使產品溫度較快地達到最高允許溫度，以縮短解吸干燥階段時間。要對凍干箱內的壓強進行控制，控制的壓強范圍在0.15~0.3毫巴之間。一般使用校正漏孔法對凍干箱內的壓強進行控制。在凍干機的真空系統上（大都在凍干箱上），安裝一個人為的能校正的漏孔，由真空儀表進行控制；當凍干箱壓強下降到低于真空儀表的下限設定值時，漏孔電磁閥打開，向凍干箱放入干燥滅菌的惰性氣體，于是凍干箱內的壓強上升，當壓強上升到真空儀表的上限設定值時漏孔電磁閥關閉，停止進氣，凍干箱內壓強又下降，如此使凍干箱內的壓強控制在設定范圍內。
壓強的控制也可采用間歇開關凍干箱和冷凝器之間閥門的方法，真空泵間歇運轉的方法。以及冷凝器冷凍機間歇運轉的方法等。
一旦產品溫度達到許可溫度之后，為了進一步降低產品內的殘余水份含量，高真空的恢復是十分必要的。這時上述控制壓強的方法應停止使用。與凍干箱恢復高真空的同時，冷凝器由于負荷減少溫度下降也達到了最低的極限溫度。這樣使凍干箱和冷凝器之間水蒸汽壓力差達到了最大值。這樣的狀況非常有利于產品內殘余水份的逸出，一般應在狀況不小于2小時的時間，時間越長產品內殘余水份的含量越低。