1、石蠟應當在高于其熔點2°C至4°C的溫度下進行熔化和儲存，這樣其中的添加劑才能溶解入液體。如果溫度太低，其中一些較重的添加劑，比如聚合物就會沉在底部，然后最先流出。熔化的石蠟在流出以前最好先進行攪拌。
2、設定包埋機的參數，確保石蠟流出口過夜的時候處于保溫狀態。經常清空并清洗流出口。始終確保流出蠟缸的石蠟是過濾后的。
3、和以往的觀點相反，將石蠟設定在高溫（大約85°C）持續數星期，反而是無害的。盡管石蠟中添加了穩定劑，在氧化作用下，石蠟仍然會變質。最初的征兆就是顏色轉變為草黃色直到黃色。隨后可能有異味產生。
4、選擇尺寸恰當的模具，確保樣品的四周都被石蠟包圍，樣品置于中心。用壓平裝置或者彎頭鑷子的背部輕柔地將樣品展平（易碎樣品可能會被壓碎）。不要讓樣品在模具中撐太滿。
5、大或硬的樣品必須按照一定角度放置在模具中。如果同一個樣品包含多種不同密度的成分，則包埋的時候要確保樣品最硬的部分必須最后接觸到鋒利的刀刃。皮膚往往帶有毛發，則包埋的時候必須保證毛發最后才被切到。
6、動物樣本中，如果組織的來源不同但是切片的性狀相似則可以包埋在同一個蠟塊中，比如肝臟和脾臟，腦組織和脊髓。脫鈣的骨組織必須包埋在“硬”石蠟中，樣品最窄的一端必須位于蠟塊的底邊，從而在切片的時候，最先接觸到刀刃。
7、為了切片的穩定性，模具中必須添加足夠的石蠟，確保包埋盒至少充盈一半。如果石蠟漏出，那么在蠟塊完全固化之前，必須添加石蠟。