化學裂解錯配堿基法（chemical cleavage mismatch,CCM) 通過化學修飾并切割異源DNA雙鏈中錯配堿基，達到檢測點突變的目的。其原理是末端標記的DNA片段暴露于可以識別并修飾異源雙鏈中錯配堿基的化學試劑中（如錯配的胞嘧啶可被羥胺修飾，錯配的胸腺嘧啶可被四氧化鋨修飾），被修飾的位點隨即可被雜氮環已烷等化學物質裂解。DNA修飾裂解后，電泳觀察DNA片段長度即可知道突變是否存在。該技術較其他突變檢測系統有更多的優越性，可以掃描1~ 2 kb 的大片段DNA并在隨后的順序分析中定位突變位點，其效率可達100%。該手段通常首先對目標DNA和野生型DNA進行PCR 擴增，然后對野生型DNA擴增片段進行末端標記，標記片段作為探針與目標序列復性形成異源雙鏈，用四氧化鋨（OsO4） 或羥胺（hydroxylamine) 修飾并用哌啶（piperidine) 切割，聚丙烯酰胺電泳分離不同長度的片段。近年來，有人采用碳化二亞胺作為錯配修飾劑，進一步提高了該方法的敏感性。CCM方法最初采用同位素DNA片段，用熒光標記代替同位素后，稱之為熒光化學裂解錯配堿基法（FCCM），該方法依然比較敏感并且安全，可檢出95%~ 100%的錯配。化學裂解錯配堿基法的不足之處在于工作量大，需要使用有害化學物質作為試驗用試劑。