厭氧培養系統比起厭氧培養箱優點更多，主要表現在以下幾個方面：
1）消耗氣體非常少，一般情況下，一瓶氣體在厭氧操作箱的條件下，用不了一兩次就用完了，幾百元啊！
2）操作起來非常快，達到微需氧狀態只需1分鐘左右，厭氧也只有2分鐘左右，這是厭氧操作箱完全達不到的。
3）重復性特別好，因為裝置的可靠性，所以每次的結果都是一樣的，受外界因素影響的可能性幾乎為零。用厭氧操作箱，那么大的空間，可以想象要達到每次一樣的狀態，多么困難。
4）體積比較起來，厭氧培養系統就非常輕巧，移動方便，一般在實驗室工作的女性很容易搬動。厭氧培養箱占體積大，移動起來不是一般的不方便。