胃腸道組織，幾乎處在半封閉狀態，氧氣供應不好，所以厭氧菌容易生長。首都醫科大學附屬北京友誼醫院普外科張忠濤主任說，腸蠕動使絕大多數細菌被送入下段腸道，因此，末端回腸及結腸細菌含量高，且99.9%為厭氧菌。
做直腸、結腸手術時，容易發生腸管破裂，或者需要手術切斷，所以其內的厭氧菌可以進入腹腔。為了防止感染，此類手術前一般口服一天甲硝唑類藥物預防感染，手術后還要繼續靜點三天。
對于已被污染的手術操作，例如各種腸管破裂的急診手術，腸管內的厭氧菌感染腹腔的可能性極大，因此在手術中，可以將甲硝唑液體倒入腹腔，進行浸泡和沖洗。