原核生物的基因結構多數以操縱子形式存在，即完成同類功能的多個基因聚集在一起，處于同一個啟動子的調控之下，下游同時具有一個終止子。兩個基因之間存在長度不等的間隔序列，如與乳糖代謝有關酶的基因。在距轉錄起始點-35和-10（轉錄起始點上游的核苷酸序列為“-”，下游的核苷酸序列為“+”）附近的序列都有RNA聚合酶識別的信號。RNA聚合酶先與-35附近的序列（稱為Pribnow框）結合，然后才與-10附近的序列（稱為Sextama框）結合。RNA聚合酶一旦與-10附近序列結合，就立即從識別位點上脫離下來，DNA雙鏈解開，轉錄開始。除啟動子外，往往還有一些調控轉錄的其他因子，如調節基因和操縱基因。
原核生物基因轉錄終止之前同樣有一段回文序列結構，稱為終止子，它的特殊的堿基排列順序能夠阻礙RNA聚合酶的移動，并使其從DNA模板鏈上脫離下來。
相比真核細胞，原核細胞也有編碼區與非編碼區，但無內含子，僅有外顯子。