1、形成血栓。反式脂肪酸會增加人體血液的黏稠度和凝聚力，容易導致血栓的形成，對于血管壁脆弱的老年人來說，危害尤為嚴重。
2、影響發育。懷孕期或哺乳期的婦女，過多攝入含有反式脂肪酸的食物會影響胎兒的健康。研究發現，胎兒或嬰兒可以通過胎盤或乳汁被動攝入反式脂肪酸，他們比成人更容易患上必需脂肪酸缺乏癥，影響胎兒和嬰兒的生長發育。除此之外還會影響生長發育期的青少年對必需脂肪酸的吸收。反式脂肪酸還會對青少年中樞神經系統的生長發育造成不良影響。
3、影響生育。反式脂肪酸會減少男性荷爾蒙的分泌，對精子的活躍性產生負面影響，中斷精子在身體內的反應過程。
4、降低記憶。研究認為，青壯年時期飲食習慣不好的人，老年時患阿爾茲海默癥（老年癡呆癥）的比例更大。
5、容易發胖。反式脂肪酸不容易被人體消化，容易在腹部積累，導致肥胖。喜歡吃薯條等零食的人應提高警惕，油炸食品中的反式脂肪酸會造成明顯的脂肪堆積。
6、容易引發冠心病。根據法國國家健康與醫學研究所的一項最新研究成果表明，反式脂肪酸能夠降低有益的高密度膽固醇( HDLC) 水平的含量而使有害的低密度膽固醇( LDLC) 水平增加。