DGGE/TGGE已廣泛用于分析自然環境中細菌、藍細菌, 古菌、微型真核生物、真核生物和病毒群落的生物多樣性[8]。這一技術能夠提供群落中優勢種類信息并同時分析多個樣品，具有可重復和操作簡單等特點, 適合于調查種群的時空變化, 并且可通過對條帶的序列分析或與特異性探針雜交分析鑒定群落組成。
DGGE和TGGE分別通過逐漸增加的化學變性劑線性濃度梯度和線性溫度梯度可以把長度相同但只有一個堿基不同的DNA片段分離。
DNA分子的雙鏈在特定溫度下會分離，這個溫度取決于互補鏈的氫鍵含量（富含GC的區域融解溫度較高）和相鄰堿基的引力。