1.原發單個靶腺功能減退
出現單個靶器官功能減退的臨床表現，實驗室檢查單個靶腺激素水平下降，相應垂體促激素水平升高，其他靶腺激素水平及促激素水平正常。
2.多發腺體衰竭綜合征
臨床上出現多個靶腺功能原發衰竭，常合并其他自身免疫疾病如糖尿病、甲狀旁腺功能減退等，主要的鑒別點為此綜合征垂體促激素水平增高且無垂體占位病變的證據。
3.慢性消耗性疾病
如腫瘤、肝病、結核、嚴重營養不良等，這些疾病可影響下丘腦釋放激素的分泌，導致不同程度的內分泌功能減退，但一般較輕，陰毛、腋毛不脫落，且有各自原發病的表現，可根據相應病史，體征，實驗室檢查加以鑒別。
4.神經性厭食
可出現一系列內分泌功能的紊亂，但該病多為青年女性，有不正確的進食觀念和審美觀念，多有精神誘因，體重明顯降低，血漿皮質醇水平升高，鑒別并不困難。