(一) 病料采集和運送 對動物進行病原菌檢疫，病料的采集和運送是否得當，是關系到能否分離到病原菌的關鍵。首先充分了解各種病原菌（目的菌）在被檢動物體內及其分泌物和排泄物中的分布情況，不同的病原菌在患病動物體內分布情況不同，即使是同一種病原菌，在病的不同時期和不同的病型中分布也不同。在采取病料前必須對被檢動物可能患有何種疫病作出初步診斷。采取病料所用器械和宣傳品器都應事先消毒，確保無毒，采樣時應無菌操作。如果動物已死亡，取樣應注意以下幾點：⑴ 對急性死亡的動物，從耳尖或四肢末梢血管取血制成涂片，染色鏡檢，在排除炭疽后方能剖檢取樣；⑵ 采取病料時間，原則是越早越好，夏季要在動物死亡后2小時內采取病料；⑶ 為了提高病原微生物的陽性分離率，采取的病料要盡量可能齊全，除了內臟、淋巴結和局部病變組織外，還應采取腦組織和骨髓，以防遺漏；⑷ 認真填寫好病料送檢單和剖檢病理變化記錄。下面介紹病料的采取方法。
1. 膿汁 先將表面流水線，然后以滅菌注射器或吸管抽取深部的濃汁；若是開口化膿灶或皮膚、粘膜表面化膿，可用滅菌棉拭子浸沾膿汁后，放入試管中。
2. 內臟器官 采取心、肺、肝、脾、腎等有病變的組織及其淋巴結，無病變時也要采取，無菌剪取1－2cm大的方塊，分別裝入滅菌容器內。
3. 血液 要全血時，無菌采取血液10m，立即注入盛有含0.5％肝素溶液0.1ml或5%檸檬酸鈉液1ml的滅菌試管內，并立即混合均勻。要分離血清時，將無菌采取的血液直接注入滅菌試管，待血液自然凝固后分離血清。從尸體采取血液時，可用滅菌注射器或吸管從右心房抽取。
4. 皮膚和粘膜 采取病變局部的皮膚和粘膜及其所屬淋巴結，放入甘油鹽水溶液中。
5. 腦和脊髓 無菌采取腦的脊髓約1－2cm大的方塊，放入甘油鹽水溶液中。
6. 膽汁 用滅菌注射器抽出后放入滅菌試管中。
7. 腸和胃 剪取有病變的部位一段或一塊。也可將腸管一段（約6－8cm）用線扎緊兩端后剪下送往實驗室。
8. 糞便 可用棉拭子插入肛門沾取，或撲殺病畜后由腸管采取，立即放低溫條件下保存。
9. 乳汁 先用消毒yao液洗凈乳頭及其附近，棄去最初擠出的幾滴乳汁，然后采取乳汁約10ml放入滅菌試管內。
10. 流產胎兒 可將整個胎兒用塑料薄膜包緊，裝入箱中送檢。
11. 小動物、禽和魚等可按上述流產胎兒方式整體送檢。在距離實驗室很近，又有隔離運輸條件時，也可將發病小動物直接送檢。
(二) 病料的處理 采集的病料，在接種培養前，應對其性狀進行觀察，例如：是否膿性帶血或腐敗，有何異味，并作記錄。各種病料在分離培養前均應制備一張涂片，作革蘭氏染色、鏡檢，以了解細菌的形態、染色特性，并大致估計其含菌量。通過肉眼觀察和顯微鏡下看到的結果，對病料中可能含有的病原菌作最初步的估價。
如果病料是病變組織，又是用無菌方法采集的，在接種前一般無需作特別處理。但如果病料被雜菌污染嚴重，則需根據要分離的病原菌的特性，采用一些對病原菌無害，但對雜菌有殺滅或抑制作用的方法，以抑制雜菌生長。例如從糞便中分離沙門氏桿菌，可將糞合接種于亞xi酸鈉肉湯中，作增菌處理。在這種培養基中，其它雜菌被抑制，而沙門氏桿菌則能自由繁殖。又如，分離布魯氏桿菌、胎兒彎曲桿菌、炭疽桿菌、副結核桿菌可用選擇性抗菌瓊脂。分離鏈球菌和豬丹毒桿菌用疊氮鈉結晶紫血瓊脂等。如果從腸道內容物或從污染有不產生芽胞的雜菌培養物中分離能形成芽胞的細菌（如魏氏梭菌、破傷風梭菌等），可將病料在80℃加熱15分鐘，以殺死不形成芽胞的雜菌，取此材料再接種培養基，即容易獲得純培養物。有些病料（如奶、尿等）含菌太少，則應先作集菌處理，然后接種，以提高檢出率，其集菌方法有離心法和過濾法。離心法取沉淀物作培養物；過濾后取沉積于濾板上表面的病料作培養。還有些細菌往往在細胞漿內集結成團，在它們所形成的病灶中含菌較少，遇到這種情況，可將病料組織磨碎，制成乳劑，加入酶、酸或堿，消化組織，使菌團散開，然后離心，收集沉淀物作培養（如從腸粘膜分離副結核桿菌即用此法）。