（1）外源目標基因的分離、克隆以及目標基因的結構與功能研究。這一部分的工作是整個基因工程的基礎，因此又稱為基因工程的上游部分。
（2）適合轉移、表達載體的構建或目標基因的表達調控結構重組。
（3）外源基因的導入。
（4）外源基因在宿主基因組上的整合、表達及檢測與轉基因生物的篩選。
（5）外源基因表達產物的生理功能的核實。
（6）轉基因新品系的選育和建立，以及轉基因新品系的效益分析。
（7）生態與進化安全保障機制的建立。
（8）消費安全評價。
