（1）質粒DNA的質量和濃度：
用于轉化的質粒DNA應主要是超螺旋態的，轉化率與外源DNA的濃度在一定范圍內成正比，但當加入的外源DNA的量過多或體積過大時，則會使轉化率下降。一般地，DNA溶液的體積不應超過感受態細胞體積的5%，1ng的cccDNA即可使50ul的感受態細胞達到飽和。對于以質粒為載體的重組分子而言，分子量大的轉化效率低，實驗證明，大于30kb的重組質粒將很難進行轉化。此外，重組DNA分子的構型與轉化效率也密切相關，環狀重組質粒的轉化率較分子量相同的線性重組質粒高10~100倍，因此重組DNA大都構成環狀雙螺旋分子。
（2）感受態細胞的質量：
所用的CaCl2等試劑均需是最高純度的，并用最純凈的水配制，最好分裝保存于4℃
（3）細胞的生長狀態和密度
最好從-70℃或-20℃甘油保存的菌種中直接轉接用于制備感受態細胞的菌液。不要用已經過多次轉接，及貯存在4℃的培養菌液。細胞生長密度以每毫升培養液中的細胞數在5×107個左右為佳。即應用對數期或對數生長前期的細菌，可通過測定培養液的OD600控制。對TG1菌株，OD600為0．5時，細胞密度在5×107個/ml左右。（應注意OD600值與細胞數之間的關系隨菌株的不同而不同）。密度過高或不足均會使轉化率下降。
（二）感受態細胞轉化中的影響：
整個操作過程均應在無菌條件下進行，所用器皿，如離心管，移液槍頭等最好是新的，并經高壓滅菌處理。所有的試劑都要滅菌，且注意防止被其它試劑、DNA酶或雜DNA所污染，否則均會影響轉化效率或雜DNA的轉入。整個操作均需在冰上進行，不能離開冰浴，否則細胞轉化率將會降低。