摩根菌肺炎的診斷要根據其臨床表現、胸片和病原體檢查結果綜合判斷。
①臨床上對有發熱、畏寒、咳嗽、咳黃痰或白痰、氣促，胸痛，查體顯示雙肺有濕性啰音，胸片顯示雙肺葉、段性浸潤陰影，或有肺膿腫形成，外周血象顯示白細胞和中性粒細胞計數增高，痰液涂片革蘭染色有大量陰性桿菌的，應考慮該病的可能。
②對于醫院獲得性肺炎，因原發病存在，肺炎癥狀不典型。但如出現下列表現：在原發病基礎上突然高熱；咳嗽咳痰加劇；不明原因的呼吸衰竭和心衰；胸片顯示雙肺浸潤陰影或在原病灶基礎上出現新的浸潤病灶；結合痰中有大量革蘭陰性桿菌，也應考慮有本病的可能。
③反復進行查痰、血或直接進行下呼吸道分泌物培養。凡連續2次或2次以上痰培養均為摩根菌；或痰和血、胸腔積液培養均顯示摩根菌；或直接呼吸道分泌物培養出摩根菌；或生前痰培養和死后從肺部均分離出摩根菌的，結合胸片結果即可確診為摩根菌肺炎。但對于原發性或繼發性摩根肺炎，臨床上有時難以區別，一般認為凡在原發肺病等基礎上出現的摩根菌感染，為繼發性肺炎。