近年來,有多家色譜公司制備了全氟代烷基鍵合硅膠色譜固定相。與傳統烷基鍵合硅膠固定相比較,鹵代化合物、芳香異構體和其他極性化合物的保留更強,洗脫順序也發生了改變。與碳氫鍵相比,碳氟鍵的極性更強,在烷基固定相中引入氟會引起溶質-固定相作用的明顯變化,使鹵代化合物或其他極性化合物的保留更強,分離選擇性也會發生變化。
碳氟的偶極作用和其較強的剛性結構導致的形狀選擇性使得全氟烷基鍵合固定相在分離含羥基、羧基、硝基和其他極性功能基化合物方面具有顯著優勢。功能基團在芳香環或其他剛性環上時選擇性優勢尤其明顯。全氟烷基鍵合固定相可以應用于表面活性劑分析、超臨界流體色譜、離子對分離等方面。