為了質譜儀能夠工作和采集,被測物必須實現從靜止狀態像離子狀態轉換。如該手冊所述,有很多途徑完成這一轉換-一些途徑采用比較激烈方式產生碎片,而另外的一些途徑能保持被測物完好。能量作用于被測物,在氣相產生離子,跟在LC中根據冷凝相用于被測物分離的過程完全相反。