色譜柱是實現分離的核心部件。由柱管和固定相組成。柱管為直型不銹鋼管。一般色譜柱長5~30 cm,內徑4~5 mm,凝膠色譜柱內徑3~12 mm,而制備色譜柱內徑則可達25 mm。一般淋洗溶劑在進入色譜分離柱之前,先通過前置柱。HPLC柱的填料顆粒粒徑一般約為3~10 mm,填充常采用勻漿法。
色譜柱的發展趨勢是減小填料粒度和柱徑以提高柱效。
