離心前將樣品小心鋪放在密度梯度溶液表面，離心形成區帶。離心后不同大小、不同形狀、有一定沉降系數差異的顆粒在密度梯度液中形成若干條界面清楚的不連續區帶。再通過虹吸、穿刺或切割離心管的方法將不同區帶中的顆粒分開收集，得到所需的物質。
1、梯度介質應具備足夠大的溶解度，以形成所需的密度梯度范圍。
2、梯度介質不會與樣品中的組分發生反應。
3、梯度介質也不會引起樣品中組分的凝集、變性或失活。
4、若離心時間過長由于顆粒的擴散作用，會使區帶越來越寬。為此，應適當增大離心力、縮短離心時間，可以減少由于擴散而導致的區帶擴寬現象。