1、隱球菌腦膜炎是真菌性腦膜炎中最常見的類型。起病緩慢，不同程度發熱、陣發性頭痛并逐漸加重、惡心、嘔吐、暈眩。數周或數月后可出現顱內壓增高癥狀及顱神經受累的表現，常伴有眼底滲出和視網膜滲出性改變。有時出現精神癥狀：抑郁、淡漠、易激動。晚期可出現偏癱、共濟失調、抽搐、昏迷等。臨床表現頗似結核性膜，但有間歇性自然緩解，如隱球菌肉芽腫局限于耨某一部位，臨床表現與腦膿腫或腦腫瘤相似。
2、肺隱球菌病常與中樞神經系統感染共存，亦可單獨發生。起病緩慢，常無明顯癥狀而被忽略。如出現癥狀、則與肺結核不易區分，如低熱、乏力、輕咳、盜汗、體重減輕等，多趨自愈。少數患兒呈急性肺炎的表現，如病灶延及胸膜，可有胸同和胸膜滲出。X線片可顯示單側或雙側塊狀病變，亦能合乎為廣泛性浸潤、支氣管周圍浸潤或粟粒狀病變，但不侵犯肺門和縱隔淋巴結，肺部感染一般預后良好。
3、皮膚黏膜隱球菌病皮膚黏膜隱球菌病很少單獨發生，常為全身性隱球菌病的局部表現。可能由腦膜、肺部或其他病灶播散所致。皮膚隱球菌病主要表現為痤瘡樣皮疹、丘疹、硬結、肉芽腫等。中央可見壞，形成潰瘍、瘺管等，粘膜損害見于口腔、鼻咽部、表現為結節，潰瘍和肉芽腫樣，表現覆蓋粘性滲出性薄膜。