1.典型結腦起病多較緩慢。根據臨床表現，病程大致可分為3期。
（1）早期（前驅期）1～2周，主要癥狀為小兒性格改變，如少言、懶動、易倦、煩躁、易怒等。可有發熱、納差、盜汗、消瘦、嘔吐、便秘（嬰兒可為腹瀉）等。年長兒可自訴頭痛，多輕微或非持續性，嬰兒則表現為蹙眉皺額，或凝視、嗜睡，或發育遲滯等。
（2）中期（腦膜刺激期）1～2周，因顱內壓增高致劇烈頭痛、噴射性嘔吐、嗜睡或煩躁不安、驚厥等。出現明顯腦膜刺激征，頸項強直，克尼格征、布魯津斯基征陽性。幼嬰則表現為前囟膨隆、顱縫裂開。此期可出現顱神經障礙，最常見者為面神經癱瘓，其次為動眼神經和外展神經癱瘓。部分患兒出現腦炎體征，如定向障礙、運動障礙或語言障礙。眼底檢查可見視乳頭水腫、視神經炎或脈絡膜粟粒狀結核結節。
（3）晚期（昏迷期）1～3周，以上癥狀逐漸加重，由意識蒙眬，半昏迷繼而昏迷。陣攣性或強直性驚厥頻繁發作。患兒極度消瘦，呈舟狀腹。常出現水、電解質代謝紊亂。最終因顱內壓急劇增高導致腦疝致使呼吸及心血管運動中樞麻痹而死亡。
2.不典型結腦表現為：
（1）嬰幼兒起病急，進展較快，有時僅以驚厥為主訴；
（2）早期出現腦實質損害者，可表現為舞蹈癥或精神障礙；
（3）早期出現腦血管損害者，可表現為肢體癱瘓；
（4）合并腦結核瘤者可似顱內腫瘤表現；
（5）當顱外結核病變極端嚴重時，可將腦膜炎表現掩蓋而不易識別；
（6）在抗結核治療過程中發生腦膜炎時，常表現為頓挫型。
3.根據小兒結腦的病理變化、病情輕重及臨床表現，可分為以下4型：
（1）漿液型其特點為漿液滲出物僅局限于腦底，腦膜刺激征及顱神經障礙不明顯，腦脊液變化輕微。常在粟粒型結核病常規檢查腦脊液時發現。多見于疾病早期，病情較輕。
（2）腦底腦膜炎型為最常見的一型。漿液纖維蛋白性滲出物較彌漫，炎性病變主要位于腦底。其臨床特征有明顯腦膜刺激征，顱高壓及顱神經障礙突出，但沒有腦局灶性癥狀。腦脊液呈現典型結腦改變。多見于疾病中期，病情較重。
（3）腦膜腦炎型腦膜和腦實質均受累。腦血管變化明顯，可出現腦局灶性癥狀，如肢體癱瘓或偏癱，語言障礙，甚至失語，手足徐動或震顫，顱高壓或腦積水癥狀顯著。腦脊液改變較輕，恢復較快，與臨床表現不平行。此型病程長，遷延不愈或惡化、復發，預后差。
（4）脊髓型炎癥蔓延至脊髓膜或脊髓，除腦及腦膜癥狀明顯外，尚出現脊髓和神經根障礙，如截癱、感覺障礙、括約肌功能障礙等。因腦脊液通路梗阻，腦脊液可呈黃色，有明顯蛋白細胞分離現象。此型病程長，多見于年長兒，臨床恢復慢，常遺留截癱后遺癥。
并發癥及后遺癥最常見的并發癥為腦積水、腦實質損害、腦出血及顱神經障礙。其中前3種是導致結腦死亡的常見原因。嚴重后遺癥為腦積水、肢體癱瘓、智力低下、失明、失語、癲癇及尿崩癥等。晚期結腦發生后遺癥者約占2/3，而早期結腦后遺癥甚少。