須排除其他原因引起的維生素B12缺乏，如營養性大細胞性貧血：
1.溶血性貧血 巨幼細胞貧血有增生性貧血伴輕度黃疸要與溶血性貧血鑒別。
2.神經系統 本病有神經系統受累，需與神經系統疾病鑒別。嬰兒期病人應與腦發育不全及其他有神經系統表現的遺傳代謝病進行鑒別。較大兒童應與神經脫髓鞘疾病相鑒別。
3.與其他原因所致的貧血鑒別 病因方面鑒別,雖然營養性缺乏葉酸、維生素B12是小兒最常見的原因，但應當與其他原因所致的貧血進行鑒別。維生素B12吸收試驗異常者給予內因子后維生素B12吸收轉為正常，則可診斷為內因子缺乏。如仍不正常，可考慮如胃、腸道病變或手術所致，化療藥物、酒精或肝病引起的代謝障礙等。