普通濕式生化分析儀每次使用時，需檢查試劑，試劑量不足時需及時添加，而且，試劑本身也有有效期，放置時間過長也需及時更換。但普通濕式生化分析儀適用于大批量測試，每次檢測幾百幾千個樣品，在這種使用狀況下，使用方便。
由于普通濕式生化分析儀內部含有管路系統，為了防止管路堵塞、漏水、漏氣等現象的發生，日常的維護保養工作尤為重要。每日開機前需檢查各清洗液、蒸餾水、稀釋液等是否足夠，檢查管路系統是否有漏水現象；開機后需檢查各試劑是否需要添加，機器沖洗管路，并作零點校準；關機時需沖洗機器管路，倒空廢液桶，清洗加樣針及攪拌器。定期用專用清洗液沖洗管路系統、加樣針、攪拌器等部件，定期作光路檢查。其他的維護保養工作，可以根據實際工作需要進行，如清洗空氣過濾網、使用專用清洗液浸泡沖洗管路系統，更換液路中的過濾器、更換密封墊等。
如果普通濕式生化分析儀因某種原因而長期閑置，在放置期間最好能夠每周定期開機沖洗管路系統2~3次，以防止管路堵塞；否則，則需要在放置以前用蒸餾水反復沖洗管路，然后將管路中的水排盡，待管路中的水徹底晾干以后，才能裝箱保存。
干式生化分析儀使用時不需配制試劑，而是使用廠家已經配置好的干試劑條。由于干式生化分析儀本身不存放試劑、不做管路清洗，因此，在使用中就顯得簡單快捷的多。只需要將液體樣品加到干試劑條上，樣品就能夠滲透過層層薄膜，經過顯色反應后顯示出相應的顏色，從而可以計算出樣品中待測組分的濃度。
干式生化分析儀由于已經拋棄了管路系統，結構較為簡單，因此其保養維護工作也簡單了很多。一般來說，只需要定期做光路檢查，根據需要做機器內部清潔即可。
如果干式生化分析儀長期不用，需長時間放置，它不需要像普通濕式生化分析儀那樣經常開機沖洗，只需要注意保存環境的防塵、防濕、防高溫等條件就行了。但兩種機器在長時間放置后需投入使用時，必須先進行質控測試，質控正常的才可以投入使用；不正常的則必須進行校準，校準后，質控正常的才可以正常使用。