1.藥物治療
目前有臨床應用價值的藥物較多，但以異煙肼、鏈霉素、對氨水楊酸的療效較好，毒性較小，被稱為第一線藥物，其他如氨硫脲、吡嗪酰胺、卡那霉素、環絲氨酸紫霉素等，這些藥物效果，不及第一線藥物，毒性亦較大，僅在結核菌對第一線藥物產生抗藥性時方始采用，故稱為第二線藥物。利福平、乙胺丁醇系較新的藥物，由于其療效較高，毒性較小，近年來已傾向于取代對氨水楊酸而列為第一線藥物。
2.手術治療
旨在去除不可修復的破壞病灶，解除梗阻，搶救腎功能。基本原則是：無泌尿系、男性生殖器以外的活動性結核灶；手術前必須至少抗結核2周以上，術后仍需要繼續完成治療方案。攣縮膀胱的手術治療：手術前與結核性炎癥刺激引起的膀胱痙攣鑒別。經過3～6個月抗結核治療炎癥消退容量恢復者，多為膀胱痙攣，無需手術；若無好轉，則為膀胱攣縮。手術方式有：腸膀胱擴大術、尿流改道術等。