慢性排斥反應（chronic rejection）可發生于移植后數月、甚至數年，是影響移植器官長期存活的主要障礙。其病變特征是組織結構損傷、纖維增生和血管平滑肌細胞增生，導致移植器官功能進行性喪失。慢性排斥反應的發生機制尚未完全清楚，
（1）免疫學機制 反復發作的急性排斥反應可能是導致慢性排斥反應和組織損傷的重要原因。
（2）非免疫學機制 多種非免疫學因素參與慢性排斥反應的發生。
